Bons estudos de um grupo qualquer de seres vivos dependem da existência de levantamentos relativamente completos e também do conhecimento da morfologia e de outros aspectos das espécies que o compõem.

Os caracteres usados em tais estudos devem ser avaliados quanto ao conteúdo de informação filogenética que contém antes de serem utilizados para testar hipóteses filogenéticas (a Filogenia, de um modo geral, é um Cladograma que indica maior proximidade genealógica, isto é, ancestralidade comum exclusiva). Com o desenvolvimento da Sistemática Filogenética, o termo filogenia continuou a ser utilizada para designar qualquer diagrama ramificado que reflita relações de parentesco entre espécies.

Podemos afirmar que, por exemplo, o conhecimento das relações filogenéticas e da zoogeografia ou dos padrões de distribuição atuais dos peixes de água doce da América do sul podem ser considerados, sem nenhum exagero, como ainda em sua infância.

Para a maior parte dos grupos de peixes não existem hipóteses filogenéticas que podem ser consideradas aceitáveis; o conhecimento limitado que possuímos destes peixes é estritamente tipológico. Em outras palavras, certos peixes são reunidos em grupos porque possuem certos caracteres em comum, mas o valor da informação filogenética expressa por esses caracteres nunca foi testado.

Na verdade, as evidências existentes sugerem que muitos dos caracteres usados atualmente para definir e relacionar gêneros e espécies, em muitos grupos de peixes de água doce sul americanos, não contém informação filogenética útil; desta forma, tais caracteres são mal interpretados e incorretamente usados nos estudos de filogenia.

Vários autores, como por exemplo Eigenmann (1917) e Gregory & Conrad (1938), discutiram alguns aspectos da filogenia dos Characoidei, mas do ponto de vista crítico, suas idéias deixaram muito a desejar, tanto em relação ao método científico, quanto ao modo de avaliação da informação filogenética dos caracteres.

Muitos autores não tiveram a grande e longa familiarização com os Characoidei experimentado por Eigenmann. Faltou-lhes o conhecimento intuitivo que levou Eigenmann (1917) pelo menos a entender que realmente eram taxonomicamente gêneros como eles consideravam.

A maior parte dos trabalhos sobre filogenia, subseqüentes ao esforço desenvolvido por Eigenmann, baseou-se nas hipóteses filogenéticas preliminares deste autor e não contém uma avaliação crítica e rigorosa da homologia (relação entre estruturas idênticas ou diferentes entre si em indivíduos ou espécies distintos) dos caracteres utilizados e das hipóteses filogenéticas (Weitzman & Fink).

Em resumo já está sendo feito por vários cientistas que trabalham com Sistemática Filogenética já conseguem estudos sobre a zoogeografia de várias famílias de peixes. Outros aspectos tais como ecologia e fisiologia de peixes, evoluíram.

A possibilidade de estudar os aspectos gerais da biologia dos peixes de água doce sul americanos é ainda pouco limitada pela inventariação incompleta das espécies presentes pelo fraco incentivo dos órgãos competentes.